본래 구층암은 지리산화엄사구층대(智異山華嚴寺九層臺)로 인조 25년 丁亥年(1647)에 

중창되었는데 상량문을 풍암문인(楓岩門人) 화월현간(華月玄侃))이 지었다. 

영조 42년(1766) 윤헌(允軒)스님이 중수, 영조 48년(1772) 鳳巖樂賢禪師(봉암낙현선사)와 

長老등이 구층난야(九層蘭若)에서 경찬대법회(慶讚大法會)를 했다.

1901년 삼월에 포월(抱月)스님 주도(主導)로 남호(南湖), 호운(浩雲), 흥주(興珠)스님과 

승속(僧俗) 60인이 구층향대(九層香臺)에서 백련사(白蓮社)를 결사(結社)하고 원묘국사께서 

화엄사 미타원 백련사를 창건하여 염불수행 발원과 발징화상(發徵和尙)의 건봉사(乾鳳寺)에서 

행하였던 미타염불만일회(彌陀念佛萬日會)의 유풍(遺風)을 크게 떨쳐 일으켰다. 

1902년 진해(進海)스님이 중수하였다.

1935년 비구니 덕선(德善)의 상좌 창근(昌根)스님 주선으로 칠성각(七星閣)을 중건 하엿으며 

 화엄사 주지는 병헌만우(秉憲曼雨)이다. 

그리고 일현택근(一玄澤根)스님의 주선(周旋)으로 1936년 여름부터 시작하여 1937 년 3월까지 

이리(裡里) 신도의 시주금으로써 구층암 법당및 요사전부를 훼철(毁撤) 중건하여 낙성식을 했다.

1970년 화엄사 주지 도광스님이 구층암 백련결사로 각황선원(覺皇禪院)을 개설하여 5월 19일

 (움력 4월 15일) 하안거 결재를 하여 수좌들이 용맹정진을 했다.

1981년 정월 구층암 암주 종인(宗仁) 스님이 천불전에 여러 세월 동안 불상이 도난당해 천불이 

되지 못해 안타까워 하며 현재 불상과 잃어버린 수 만큼 불상을 채워 조성하여 천불을 모셨다. 

본래 천불전 법당 모습은 가운데 중심에 사각단 계단 형식에 불상을 모셨다 

사방벽에도 계단 형태로 불상을 모신 법당이다. 사각단 불상을 친견하면서 돌아가며 

사방벽에 불상도 친견하는 법당이다. 

그런데 종인 스님이 천불전 법당을 전면단 계단 형태로 하여 천불을 모시게 되었다. 

점안식은 동헌 큰스님을 모시고 했다.

1998년 12월에 화엄사주지 종걸스님이 보수 할때 본존요사(本尊寮舍)보수중 상량문을 보니 

호좌봉성현지리산화엄사구층대상령문(湖左鳳城懸智異山華嚴寺九層臺上樑文)라고 쓰여졌고 

정축년(丁丑年 : 1937년 5월 19일)에 개수상량(改修上樑)이라했다.

1969年 본사주지(本寺住持)로 취임하신 리산도당대선사离山導光大禪師)께서는 

지리산 야생차(野生茶)로 화엄차(華嚴茶), 작설차(雀舌茶), 죽로차(竹露茶)를 

방방곡곡(坊坊曲曲)에 보금한 이래로 2007年 9月 본사주지 종삼(宗三) 스님이 

구층암에 차공방을 설치하면서 이곳 암주 덕제(德濟) 스님이 현재까지 차를 제조하고 있다.

암주 덕제 스님이 대중스님과 신도님이 편안하게 공양을 할 수 있는 공양방(供養房)인 

감로당(甘露堂) 불사를 2019년 9월 부터 시작하여 치목은 2020년 6월 19 ~ 8월 15일에 

마무리하고 목재 조립은 2020년 11월 30일부터 시작하여 2020년 12월 9일(음 10월 25일)

에 상량(上樑)했다.

구층암에는 9층의 석탑이 있었다. 현재 요사(寮舍)앞에 있는 석탑은 3층의 옥개석(屋蓋石)을 

유지하고 있으나 기타 탑재(塔材)들은 도량내에 산재(散在)해 있음을 볼 수 있다. 

현재의 석탑은 약 3.5 m 로서 탑신 남면에는 여래좌상(如來坐像)이 조각 되어 있다.

부처님 천불(千佛)을 모신 천불보전(千佛寶殿)과 칠성,산신,독성을 모신 수세전(壽世殿)외 

요사 2채가 있다.

천불보전앞에는 약 3m 석등(지방문화재 132호)과 배례석(拜禮石)이 있다.